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大丈夫です。
さんまやさば、いわしなどの魚のぬか漬けは「へしこ」という福井県の特産品。ぬかを軽く付けたままあぶれば、お酒にもよく合います。
肉類では、豚ロース肉や鶏ササミ、ウインナーなどが合います。ただし、肉や魚を漬けると生臭いにおいがぬか床に移ってしまいます。野菜用とは別に、肉や魚専用のぬか床を作ることをおすすめします。
もしくは、ぬか床の一部を取り出してチャック付き袋に入れ、肉や魚を漬け込んでもいいでしょう。