卵成分由来の「硫化黒変現象」が発生したものと思われます。
硫化黒変現象は、卵白中の硫黄と、卵黄中の鉄が反応して硫化鉄を形成し、黒い染みのようなものを発生させる現象です。これは、加熱温度が高く、また、その時間が長いほどに起こりやすくなります。
一般的には、沸騰したお湯で約10分、80℃のお湯なら約25分で卵黄が鮮やかな黄色になりますが、同時に複数個のゆで卵をつくられた場合、卵の大きささや殻の厚み等により、一部の卵にのみ黒変が生じることもあります。また、加熱後はすぐに冷水に入れて冷やし、卵内の圧力を下げることで黒変を防ぐことができます。
なお、硫化黒変が発生した卵をお召し上がりになられても、お体に影響はありません。